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Herramientas abiertas que desarrollamos para construir y diseñar sistemas de ácidos nucleicos para simulaciones moleculares. Cada app tiene su propio repositorio en GitHub.

dsXNAbuilder

Constructor de ADN, ARN y ADN/ARN de doble cadena con la química de modXNA.

Genera secuencias canónicas de doble cadena (ds) de ADN, ARN e híbridos ADN/ARN, combinando las bases canónicas con los nucleótidos modificados disponibles en modXNA, la biblioteca de ácidos nucleicos modificados de la que somos co-desarrolladores.

  • dsADN, dsARN e híbridos ADN/ARN
  • Nucleótidos canónicos y modificados de modXNA
  • Entradas listas para simulaciones moleculares

panmer

Generador de librerías de secuencias para dinámica molecular, con el alfabeto ampliado de modXNA.

Diseña librerías de secuencias de ADN y ARN para simulaciones de dinámica molecular (MD), con soporte para el alfabeto ampliado de modXNA. Está basado en el algoritmo de Orenstein y Shamir para diseñar secuencias compactas que cubren todos los k-meros.

  • Librerías de secuencias de ADN y ARN
  • Alfabeto ampliado de modXNA
  • Basado en el algoritmo de Orenstein y Shamir